بیماری نیوکاسل یکی از مخرب ترین بیماری های ویروسی طیور در سرتاسر جهان است. باتوجه به اینکه روش های سنتی قابلیت محدودی در کنترل این بیماری دارند، هدف از انجام این مطالعه استفاده از تکنولوژی های نوین برای تشخیص به موقع بیماری جهت کاهش خسارت پیش روی صنعت طیور می باشد. در این مطالعه به منظور تشخیص ویروس نیوکاسل، یک روش Real-time-PCR بهینه سازی گردید. استخراج RNA با استفاده از کیت RNease mini (شرکت کیاژن، آمریکا) و بر اساس دستورالعمل شرکت سازنده استخراج شد.RNA استخراج شده با 68.23×109 رونوشت اولیه به صورت سری رقت های 100ml برای انجام واکنش Real-time PCR تهیه شد. در این آزمایش از سویه B1 واکسن ویروس استفاده شد. آزمایش Real-time-PCR با استفاده از کیت تجاری ساخت شرکت Genekam Biotechnology کشور آلمان انجام شد. حساسیت واکنش Real-time PCR با توجه به سری رقت های تهیه شده 34-10×1 رونوشت/میکرولیتر تعیین گردید. با توجه به اینکه سرعت و دقت تشخیص ویروس نیوکاسل در همه گیری ها، نقش مهمی در کنترل بیماری دارد. استفاده از این روش به عنوان یک روش تشخیصی با حساسیت بالا توصیه می گردد.

یکی از چالش های موجود در تفسیر نتایج qPCR، اطمینان از اختصاصی بودن قطعات تکثیر شده است که برای بررسی آن از آنالیز منحنی ذوب استفاده می شود. پیک های اضافی در منحنی ذوب همیشه نشان دهنده یک مشکل نیست، به همین منظور در این مقاله یک ابزار مبتنی بر وب به نام uMelt SM به عنوان راهکاری کاربردی و ساده برای آنالیز صحیح منحنی ذوب به محققین پیشنهاد می گردد که امکان پیش بینی منحنی ذوب DNA و پروفیل های واسرشته سازی را با وضوح بالای فلورسنت از محصولات PCR فراهم می کند. نتایج این مطالعه نشان داد که منحنی های ذوب براساس چه پارامترهایی تولید شده و الگوریتم مناسب برای نحوه کار با این نرم افزار ارائه گردید. در نهایت ژن های اکتین و سوپراکسید دیسموتاز از قارچ Pyricularia oryzae به عنوان الگوی مناسب برای تعیین منحنی پیش بینی شده با استفاده از این نرم افزار ارائه گردید و منحنی Real-time PCR نیز ترسیم شد. براساس نتایج منحنی ذوب با استفاده از نرم افزار uMelt SM در مقایسه با منحنی ذوب دستگاه Real-time PCR تطابق بالایی را نشان می دهد که این نتایج تأییدی بر مزیت هایی همچون سهولت استفاده، صرفه جویی در زمان، هزینه و تلاش در بخش تجربی با استفاده از این نرم افزار می باشد.

طی سال های 1388-1389 از روش Real time RT-PCR و RT-PCR معمولی جهت شناسایی ویروس زبان آبی در 310 گوسفند مشکوک به بیماری زبان آبی استفاده شد. قطعاتS1  (ژن پلی مراز) و S10 (ژن NS3) بعنوان ژنهای حراست شده در گروه سرمی زبان آبی به ترتیب توسط  rRT-PCR و RT-PCR معمولی مورد آزمایش قرار گرفتند و در نهایت تعداد 58 (%18.6) و 14 (%4.5) نمونه مثبت شناسایی شدند. جهت ارزیابی حساسیت rRT-PCR نسبت به RT-PCR معمولی از رقت های لگاریتمی RNA ویروس زبان آبی (BTV16) استفاده شد. نتایج حاکی از آن بود که با روش RT-PCR عیار بیش 103.8 TCID50/ml قابل شناسایی است، در حالیکه در روش rRT-PCR مرز تشخیص در حد101.8 TCID50/ml  از RNA ویروس در نمونه های بالینی می باشد. در این مطالعه مشخص شد روش rRT-PCR از حساسیت فوق العاده ایی برخوردار است. دام هائی که در انتهای بیماری هستند و عیار ویروسی در خون آنها بسیار کاهش یافته است با این روش قابل شناسایی می باشند. در این مطالعه سعی شد از برخی از نمونه های مثبت که باروش rRT-PCR شناسایی شدند، جداسازی ویروس صورت گیرد. برای این منظور از روش تزریق به عروق کوریوآلانتوئید تخم مرغ جنین دار و کشت سلول Vero و KC استفاده شد. علیرغم تلاش های صورت گرفته جداسازی ویروس امکان پذیر نشد.

روش Real-time PCR در سال های اخیر به عنوان روشی انتخابی جهت تشخیص بسیاری از بیماری های عفونی در آزمایشگاه ها مورد استفاده قرار گرفته است. با استفاده از این فن آوری، واکنش زنجیره پلیمراز توسط مولکول های گزارش گر فلورسنت انجام و از این طریق، تولید فرآورده های تکثیری طی هر چرخه واکنش PCR گزارش می شود. بدین ترتیب مجموعه ای از خصوصیات از جمله، حساسیت و اختصاصیت بالا، داده های قابل اعتماد و خطر پایین آلودگی، فن آوری Real-time PCR را به جایگزینی مناسب برای PCR معمولی تبدیل کرده است. این روش اغلب در تعیین کمیت سطوح بیان ژن نیز مورد استفاده قرار می گیرد. از آنجایی که تمامی مراحل Real-time PCR در داخل یک لوله دربسته انجام می شود، خطر ایجاد آلودگی در آن در مقایسه با PCR معمولی بسیار کاهش یافته و در نتیجه از حصول نتایج مثبت کاذب جلوگیری می شود. هدف از این مقاله، مرور کلی در مورد انواع مختلف روش Real-time PCR، مزایا و کاربردهای آن می باشد.

هدف: کالپاستاتین در بافت عضله اسکلتی حیوانات یافت شده است و می تواند با سرکوب فعالیت کالپاین مانع از رشد بی رویه سلولی شود. دخالت کالپاین ها در آپوپتوزیز موضوعی است که هنوز مورد بحث است، اگرچه دخالت آنها محدود به انواع خاصی از سلول ها و محرک های خاص است. مطالعات مختلف نشان داده که این ژن در عملکرد رشد و کیفیت گوشت نقش دارد، لذا هدف این پژوهش بررسی میزان بیان ژن کالپاستاتین در بافت های مختلف بز کرکی راینی با استفاده از Real time PCR بود. مواد و روش ها: در مجموع 21 نمونه بافتی شامل ماهیچه، کلیه، قلب، جگر، شش، طحال و چربی (از هر بافت 3 تکرار) از 3 بز کرکی راینی در هنگام کشتار در کشتارگاه تهیه شد. RNA کل استخراج و cDNA ساخته شد. برای برررسی میزان نسبی بیان ژن ها از واکنش Real time PCR به روش SYBR Green استفاده شد. در این مطالعه از ژن گلیسرآلدئید 3 فسفات دهیدروژناز (GAPDH) به عنوان ژن کنترل داخلی استفاده شد. برای تجزیه و تحلیل داده های حاصل از Real time PCR از روش پی فافل استفاده شد. نتایج: برای ژن کالپاستاتین قطعه bp89 و برای GAPDH قطعه bp101 در همه نمونه ها مشاهده شد. نتایج Real time PCR حاصل از این پژوهش نشان داد که ژن کالپاستاتین در تمامی بافت های بررسی شده (ماهیچه، کلیه، قلب، جگر، شش، طحال و چربی) بیان شده است و بیشترین سطح بیان در بافت قلب، طحال و جگر و کمترین سطح بیان در بافت چربی مشاهده شد. نتیجه گیری: نتایج نشان می دهد که ژن کالپاستاتین در بافت های مختلف بز گسترده است. همچنین این پژوهش اساسی را برای انجام پژوهش های بیشتر در مورد کالپاستاتین در بز کرکی راینی ایجاد نمود. پیشنهاد می شود که این مطالعه با تعداد دام بیشتر، جنس های مختلف، سنین متفاوت و مراحل فیزیولوژیکی گوناگون در نژادهای مختلف بز انجام شود تا بتوان به یک نتیجه گیری جامعی دست یافت.

هدف: بز کرکی راینی یکی از مهمترین نژادهای بز در ایران است. این حیوانات هم برای تولید گوشت و هم برای تولید کرک نگهداری می شوند. یکی از اقدامات اساسی در حیوانات اهلی مطالعه ژن ها و پروتئین های مرتبط با صفات اقتصادی و مطالعه آنها در سطح سلولی یا کروموزومی است. یکی از ژن های مهم لپتین است. لپتین به وسیله بافت چربی سفید تولید می شود و نقش مهمی در تنظیم مصرف غذا، تعادل انرژی، باروری و فعالیت های ایمنی بازی می کند. هدف این پژوهش مطالعه بیان ژن لپتین در بافت های چربی، کبد، کلیه، شش و قلب در بز کرکی راینی با استفاده از تکنیک Real time PCR بود. مواد و روش ها: از بافت های قلب، شش، کلیه، کبد و بافت چربی (از هر بافت 3 تکرار) از 6 بز کرکی راینی نمونه برداری انجام شد. از این بافت ها RNA کل استخراج شد. RNA استخراج شده در دمای منفی80 درجه سانتیگراد نگهداری شد. کیفیت و کمیت RNA بررسی و سنتز cDNAانجام شد. واکنش Real time PCR برای ژن لپتین و بتااکتین صورت گرفت. محصولات PCR روی ژل آگارز 5/1 درصد الکتروفورز شد. منحنی های ذوب و سطوح مختلف بیان در بافت های ذکر شده، مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. نتایج: نتایج منحنی های Real time PCR و مشاهده نتایج الکتروفورز محصولات PCR روی ژل آگارز نشان داد نشان داد که این ژن در تمامی بافت های بررسی شده بیان شده است و بیشترین سطح بیان در بافت چربی (5/4 برابر) و کبد (7/3 برابر) و کمترین سطح بیان در بافت های قلب (4/1 برابر) مشاهده شد. نتیجه گیری: این نتایج می تواند نشان دهنده این امر باشد که لپتین در متابولیسم چربی نقش ویژه ای دارد. مطالعات بیشتری باید انجام شود تا نقش لپتین در فیزیولوژی ساخت و متابولیسم چربی و مواد دیگر مشخص شود. این امر کمک خواهد کرد تا مکانیسم هایی برای شناخت اثر فاکتورهای تغذیه ای و چربی های بدن در فرآیندهای مختلف درک شوند.

هدف: گیرنده استروژن (ER) یک فاکتور رونویسی است که واسطه عملکرد هورمون استروژن در بسیاری از فرآیندهای فیزیولوژیکی و آسیب شناختی است. بیان گیرنده استروژن (ESR1)، که گیرنده استروژن آلفا (ER-α ) را کد می کند، مختص بافت است. به عنوان مثال، بیان ESR1 در آندومتر و غده پستانی بسیار زیاد است و در جفت و پوست کم است. این ژن روی کروموزوم شماره 6 انسان قرار دارد و به نام های Era، ESRA، ESTRR، و NR3A1 نیز معروف است. در چندین پژوهش نشان داده شده است که واریانت های ژنتیکی در این ژن با حساسیت به سرطان پستان همبستگی دارند. هدف این پژوهش بررسی میزان بیان ژن ESR1 در بافت های مختلف بز کرکی راینی با استفاده از Real time PCR بود. مواد و روش ها: تعداد یک راس بز نر و یک راس بز ماده برای نمونه برداری از بافت ها انتخاب شدند. نمونه ها از بافت های قلب، کلیه، مغز، تخمدان، رحم، پستان و بیضه (از هر بافت 3 تکرار) در هنگام کشتار در کشتارگاه تهیه شد. RNA کل استخراج و cDNA ساخته شد. برای برررسی میزان نسبی بیان ژن ها از واکنش Real time PCR به روش SYBR Green استفاده شد. در این مطالعه از ژن GAPDH به عنوان ژن کنترل داخلی استفاده شد. برای تجزیه و تحلیل داده های حاصل از Real time PCR از روش پی-فافل استفاده شد. نتایج: مطالعه بیان ژن ESR1 در بافت های قلب، کلیه، مغز، تخمدان، رحم، پستان و بیضه بز کرکی راینی با استفاده از روش PCR در زمان واقعی نشان داد که این ژن در تمامی بافت-های بررسی شده بیان شده است. بیشترین سطح بیان در بافت های کلیه، تخمدان، رحم و بیضه و کمترین سطح بیان در بافت مغز و قلب مشاهده شد نتیجه گیری: با توجه به نتایج پژوهش حاضر و نتایج سایر محققین می توان نتیجه گرفت که گیرنده های استروژن نقش مهمی در اسپرماتوژنز و باروری نرها دارند، چرا که در پژوهش حاضر مشخص شد که ESR1 در بافت های تولیدمثلی نسبت به بافت های غیر-تولیدمثلی بسیار بیشتر بیان می شود. لذا، استروژن و گیرنده-هایش به احتمال زیاد برای باروری نرها بسیار ضروری هستند و نتایج این پژوهش اساسی را برای پژوهش های آینده جهت توصیف نقش ژن ESR1 به عنوان یک ژن کاندیدا برای باروری بهتر و فیزیولوژی طبیعی در حیوانات اهلی، به ویژه بز فراهم کرده است.